Claire Dukers détaille une des raisons de la dégradation du bâtiment : "On a observé que la chapelle recevait de l'air chaud provenant d'une grille placée dans le mur commun avec la salle des malades. Ce système assèche l'air et entraîne l'effritement des mortiers. On est aussi dans un environnement assez humide à cause de la proximité d'une nappe phréatique et d'une source." Afin de mettre le monument à l'abri de nouveaux dégâts, la grille a été condamnée et d'importants travaux d'assainissement seront engagés. 

En plus de ces opérations de sauvegarde, des diagnostics spécialisés ont été menés pour la remise en valeur de la chapelle. On cherche aussi à retracer les réaménagements opérés au 18^e siècle, pour lesquels on ne dispose pas d'archive. "L'orientation de la chapelle a été modifiée à cette époque, avec la création d'un nouveau chœur le long de la façade Nord. On a constaté que les vitraux datés du 18^e siècle -actuellement en restauration- ont été réalisés à partir de fragments des vitraux anciens, dont certains panneaux pourraient provenir des vitraux d'origine. On sait aussi que sous les badigeons des voûtes, il y a des couleurs à révéler, liste Claire Dukers avant de préciser. L'ensemble des décors peints est un important objet d'étude." 

Des restaurateurs spécialisée en décors peints ont été missionnés afin d'étudier la stratigraphie des décors. "Cela signifie qu'on sonde les différentes couches de peinture pour les dater et retracer la chronologie des interventions et du lieu", explique-t-elle. C'est en sondant ces couches qu'un visage auréolé a été mis au jour sur le mur est, en grattant soigneusement le ciel étoilé d'une fresque du 17^e siècle. Un comité scientifique est chargé de consigner ces découvertes, déterminer quels décors conserver et comment procéder à leur restauration.